某海滨城市为发展旅游业，经批准兴建一条旅游专用公路。该项目土建工程（路基、桥梁、涵洞）、路面工程分别与两家建筑公司签订了施工合同，分别为乙方和丙方。 合同约定土建工程于2014年11月10日正式开工，竣工期为2016年4月25日。因土建工程与路面工程分别为两个独立的合同，由两个承包商分别承建，为了保证工期，当事人约定：为方便物料的进场，同时可以尽早解决当地村民出行需求，路线的第一个工区（15km）及连接线（3km）要提前6个月竣工，乙和丙两家单位会存在一定的交叉施工时间。 在工程施工4年6个月时，甲方要求乙方将竣工日期提前2个月，双方协商修订施工方案后达成协议。 该工程按变更后的合同工期竣工，经验收后投入使用。 在该工程投入使用2年6个月后，乙方因甲方少付工程款起诉至法院。诉称：甲方于该工程验收合格后签发了竣工验收报告，并已投入使用。在结算工程款时，甲方本应付工程总价款9000万元，但只付8200万。特请求法庭判决被告支付剩余的800万元及拖期的利息。 在庭审中，被告答称：原告土建工程施工质量有问题，如：路肩排水、超高段路面平整度、桥梁防水层、混凝土工程平整度等工程质量不合格。因此，部分工程由丙单位进行返工，并提出索赔，经监理工程师签字报业主代表认可，共支付450万元。此项费用应由原告承担。另还有其他质量问题造成边坡滑塌共计损失350万元，应从总工程款中扣除，故支付乙方主体工程款总额为8200万元。 原告辩称：被告称工程不合格不属实，并向法庭呈交了业主及有关方面签字的合格竣工验收报告及业主致乙方的感谢信等证据。 被告又辩称：竣工验收报告及感谢信，是在原告法定代表人宴请我方时，提出为企业晋级，在此情况下，我方代表才签的字。此外，被告代理人又向法庭呈交业主被丙公司提出的索赔450万元（经监理工程师和业主代表签字）的清单56件。 原告再辩称：被告代表发言纯属戏言，怎能以签署竣工验收报告为儿戏，请求法庭以文字为证。又指出：如果真的存在被告所说的情况，那么被告应当根据《公路工程质量检验评定标准》的规定，在路面工程施工前通知我方修理。 原告最后请求法庭关注：从签发竣工验收报告到起诉前，乙方向甲方多次以书面方式提出结算要求。在长达2年多的时间里，甲方从未向乙方提出过工程存在质量问题。 【问题】 1．原、被告之间的合同是否有效？ 2．如果在路面工程施工时，发现主体工程施工质量有问题，甲方应采取哪些正当措施？ 3．对于乙方因工程款纠纷的起诉和甲方因工程质量问题的起诉，法院是否应予以保护？